在KM的故事结束十五六年后，邪神一族的阴影再次在世界上掀起了风波。出身于初代决斗王·武藤游戏所在的童实野町的少年高桥俊也通过朋友的渠道购得了一套限量发行的卡组“K”，却因此而惹来了连串麻烦。想从俊也手中夺取这副珍稀卡组的决斗好手接踵而至，在他们的后面，是有着深厚的世界背景的机构：世界OCG协会的规则维持部，简称为“OCG监察者”的组织…　　面对着即将开幕的新一届KC（海马杯）决斗大赛，俊也将如何应付眼前这麻烦的处境呢？

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